In der Jungen Union Waiblingen gibt es für Schülerinnen und Schüler, Auszubildende und junge Arbeitnehmerinnen und Arbeitnehmer als Ergänzung zwei Sonderorganisationen. Diese Sonderorganisationen sind die Schüler Union und die Junge Arbeitnehmerschaft. Einmal jährlich finden sowohl im Kreisverband als auch in den einzelnen Ortsverbänden Hauptversammlungen statt, zu denen alle Mitglieder der Jungen Union eingeladen werden, die dort über die politische Arbeit im vergangenen Jahr informiert werden, politische Schwerpunktthemen festlegen und den jeweiligen Vorstand wählen. Darüber hinaus findet im Kreisverband jedes Jahr eine außerordentliche Mitgliederversammlung zu einem bestimmten jugendpolitischen Thema statt.